Anex:Software per a alineamiento estructural

Esta llista de software per a alineament estructural és una compilació de ferramentes software i portals web utilisats en alineamientos estructurals de parells o múltiples.

Llista de software per a alineament estructural

NOMBRE	Descripció	Classe	Tipo	Flexible	Enllace	Autor	Any
MAMMOTH	MAtching Molecular Models Obtained from Theory	Cα	Parell	No	servidor	AR. Ortiz	2002
CE/CE-MC	Combinatorial Ixtension -- Monte Carlo	Cα	Multi	No	servidor	I. Shindyalov	2000
DaliLite	Distance Matrix Alignment	C-Map	Parell	No	servidor	L. Holm	1993
VAST	Vector Alignment Search Tool	SSE	Parell	---	servidor	S. Bryant	1996
PrISM	Protein Informatics Systems for Modeling	SSE	Multi	---	servidor	B. Honig	2000
SSAP	Sequential Structure Alignment Program	SSE	Multi	No	servidor	C. Orengo & W. Taylor	1989
SARF2	Spatial ARrangements of Backbone Fragments	SSE	Parell	---	servidor	N. Alexandrov	1996
KENOBI/K2	NA	SSE	Parell	---	servidor	Z. Weng	2000
STAMP	STructural Alignment of Multiple Proteins	Cα	Multi	No	servidor	R. Russell & G. Barton	1992
MASS	Multiple Alignment by Secondary Structure	SSE	Multi	---	servidor	O. Dror & H. Wolfson	2003
SCALI	Structural Core ALIgnment of proteins	Seq	Parell	---	servidor	C. Bystroff	2004
DEJAVU	NA	SSE	Parell	---	servidor	GJ. Kleywegt	1997
SSM	Secondary Structure Matching	SSE	Multi	---	servidor	E. Krissinel	2003
SHEBA	Structural Homology by Invironment-Based Alignment	Seq	Parell	---	servidor	B. Llig	2000
LGA	Local-Global Alignment	Cα	Parell	---	servidor	A. Zemla	2003
POSA	Partial Order Structure Alignment	Cα	Multi	Sí	servidor	Y. Ye & A. Godzik	2005
PyMOL	El comando "super" realisa alineament 3D independent de la seqüència	Proteïna	Hybrid	No	sitie web	W. L. DeLano	2007
FATCAT	Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists	Cα	Parell	Sí	servidor	Y. Ye & A. Godzik	2003
Matras	MArkovian TRAnsition of protein Structure	Cα & SSE	Parell	---	NA	K. Nishikawa	2000
MAMMOTH-mult	MAMMOTH-based multiple structure alignment	Cα	Multi	No	servidor	D. Lupyan	2005
Protein3Dfit	NA	C-Map	Parell	---	servidor	D. Schomburg	1994
PRIDE	PRobaility of IDEntity	Cα	Parell	---	servidor	S. Pongor	2002
FAST	FAST Alignment and Search Tool	Cα	Parell	---	servidor	J. Zhu	2004
C-BOP	Coordinate-Based Organization of Proteins	N/A	Multi	---	servidor	E. Sandelin	2005
ProFit	Protein least-squares Fitting	Cα	Multi	---	servidor	ACR. Martin	1996
TOPOFIT	Alineament com a superposició de volums comuns en un punt topomax	Cα	Parell	---	servidor	VA. Ilyin	2004
MUSTANG	MUltiple STructural AligNment AlGorithm	Cα & C-Map	Multi	---	descarregar	A.S. Konagurthu et al.	2005
URMS	Onit-vector RMSD	Cα	Parell	---	servidor	K. Kedem	2003
LOCK	Superposició jeràrquica d'estructures de proteïnes	SSE	Parell	No	NA	AP. Singh	1997
LOCK 2	Millores sobre LOCK	SSE	Parell	No	descarregar	J. Shapiro	2003
CBA	Consistency Based Alignment	SSE	Multi	---	descarregar	J. Ebert	2006
TetraDA	Tetrahedral Decomposition Alignment	SSE	Multi	Sí	NA	J. Roach	2005
STRAP	STRucture based Alignment Program	Cα	Multi	---	servidor	C. Gille	2006
LOVOALIGN	Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment	Cα	Parell	---	servidor	Andreani et al.	2006
GANGSTA	Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment	SSE/C-Map	Parell	---	servidor	B. Kolbeck et al.	2006
TM-align	TM-score based protein structure alignment	Cα	Parell	---	sitie web	Y. Zhang & J. Skolnick	2005
MatAlign	Comparació d'estructures de proteïnes per Matrix Alignment	C-Map	Parell	---	sitie web	Z. Aung & K.L. Tan	2006
Vorolign	Alineamientos d'estructura ràpits utilisant relacions de Voronoi	C-map	Multi	Sí	servidor	F. Birzele et al.	2007
EXPRESSO	Alineamientos múltiples d'estructura ràpits usant T-Coffee i Sap	Cα	Multi	---	sitie web	C. Notredame et al.	2007
CAALIGN	Alineament Cα	Cα	Multi	---	sitie web	T.J. Oldfield	2007
YAKUSA	Coordenades internes i algoritme tipo BLAST	Cα	Parell	---	sitie web	M. Carpentier et al.	2005
CLEMAPS	Alineamientos d'alfabets basats en conformació	Cα	Multi	---	NA	W-M. Zheng	2007
TALI	Torsion Angle ALIgnment	Cα	Parell	No	NA	X. Mioa	2006
MolCom	NA	Geometria	Multi	---	NA	S.D. O'Hearn	2003
MALECON	NA	Geometria	Multi	---	NA	S. Wodak	2004
FlexProt	Flexible Alignment of Protein Structures	Cα	Parell	Sí	servidor	M. Shatsky & H. Wolfson	2002
MultiProt	Multiple Alignment of Protein Structures	Geometria	Multi	Sí	servidor	M. Shatsky & H. Wolfson	2004
CTSS	Alineamientos d'estructura de proteïnes usant característiques geomètriques locals	Geometria	Parell	---	sitie web	T. Ca	2004
CURVE	NA	Geometria	Multi	No	sitie web	D. Zhi	2006
Matt	Multiple Alignment with Translations and Twists	Cα	Multi	Sí	descarregar	M. Menke	2008
TopMatch	Alineament d'estructures de proteïnes i visualisació de similituts estructurals	Cα	Parell	No	servidor	M. Sippl & M. Wiederstein	2008
SSGS	Secondary Structure Guided Superimposition	Ca	Parell	No	sitie web	G. Wainreb et al.	2006
Matchprot	Comparació d'estructures de proteïnes per alineamientos veïnals creixents	Cα	Parell	No	servidor	S. Bhattacharya et al.	2007
UCSF Chimera	see MatchMaker tool and "matchmaker" command	Seq & SSE	Multi	No	sitie web	E. Meng et al.	2006
FLASH	Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins	SSE	Parell	No	NA	E.S.C. Shih & M-J Hwang	2003
RAPIDO	Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements	Cα	Parell	Sí	servidor	R. Mosca & T.R. Schneider	2008
ComSubstruct	Alineament estructural basat en codificació geomètrica diferencial	Geometria	Parell	Sí	sitie web	N. Morikawa	2008

Claus:

• Cα -- Alineament per àtom (Cα) d'esquelet (Backbone Atom (Cα) Alignment);

• SSE -- Alineament d'elements d'estructura secundària (Secondary Structure Elements Alignment);
• Seq -- Alineament basat en seqüència;
• Parell -- Alineament de parells (2 estructures solament*);
• Multi -- Alineament múltiple d'estructures;
• C-Map -- Mapa de contacte;

Vore també

• Alineament estructural
• Anex:Software per a alineament de seqüències