FASTA
FASTA és un paquet de software per al alineamiento de seqüències d'ADN i proteïnas inicialment descrit com FASTP per David J. Lipman i William R. Pearson en 1985.[1] El seu llegat és el Format FASTA el qual és ara molt popular en Bioinformática.
Història
[editar | editar còdic]El programa original FASTP va ser dissenyat per a busques de similitut en proteïnes. Pel creiximent exponencial de l'informació genètica, i a la velocitat i memòria llimitada dels anys 80, métodos heurístics varen ser introduïts per al alineamiento de seqüències i bases de senyes completes. FASTA (desenrollat en 1988) va afegir l'habilitat de fer busques ADN:ADN, proteïna traduïda:busquédas de ADN, i també va proveir un programa per a evaluar significancia estadística.[2] Hi ha alguns programes en este paquet que permet el alineamiento de seqüències de proteïnas i seqüències de ADN. Hui en dia la contínua millora en el rendiment de les computadores ha fet possible busques per a alineamiento de seqüències local en bases de senyes per mig de l'us del Algoritme Smith-Waterman.
Usos
[editar | editar còdic]FASTA és pronunciat "fast A", que significa "FAST-All", perque treballa en qualsevol alfabet, una extensions són "FAST-P" (proteïnes) i "FAST-N" (nucleòtits) per a alineamiento.
L'actual paquet FASTA conté programes per a proteïna:proteïna, ADN:ADN, proteïna:ADN traduït, i busques ordenades o no ordenades de péptidos. Versions recents del paquet FASTA inclou algoritmes de busques especialment traduïts que manegen correctament els errors frameshift quan es compara la data de seqüències de nucleòtit a proteïna.
Adicionalment a ràpits métodos de busca heurístics, el paquet FASTA proveïx SSEARCH, una implementació òptima del Algoritme Smith-Waterman.
Un major enfocament del paquet està en el càlcul de similitut estadística pecisa, de manera que els biòlecs puguen jujar si un alineamiento té provabilitat d'haver ocorregut per casualitat, o pot ser usat per a inferir homologia. El paquet FASTA està disponible en fasta.bioch.virginia.edu.[notes 1]
L'interfaç web[notes 2] per a enviar seqüències per a busques en les bases de senyes en llínea del Institut Europeu de Bioinformática està també disponible usant programes FASTA.
El format fasta, usat com a entrada per a este programa, és ara usat per atres ferramentes de busca de bases de senyes de seqüències (tals com BLAST) i programes de alineamiento de seqüències (Clustal, T-Coffee, etc.).
Referències
[editar | editar còdic]- Este artícul conté una traducció derivada de «FASTA» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.
Erro en la cita: Existixen etiquetes <ref> per a un grup nomenat "notes", pero no es trobà una etiqueta <references group="notes"/>