MANET database
Molecular Ancestry Network (MANET) és una base de senyes bioinformática que mapea directament en rets biològiques les relacions evolutives de les arquitectura de proteïnes.[2] Va ser desenrollada originalment per Hee Shin Kim, Jay E. Mittenthal i Gustavo Caetano-Anolles en el Departament de Ciències dels Cultius de l'Universitat d'Illinois en Urbana-Champaign.[3]
MANET rastreja, per eixemple, l'ascendència d'enzimes metabòliques individuals dins del metabolisme per mig de métodos bioinformáticos, filogenético i estadístics. Actualment, MANET integra informació de la base de senyes de la Classificació Estructural de Proteïnes (SCOP), la base de senyes de vies metabòliques de l'Enciclopèdia de Kyoto de Gens i Genomes (KEGG) i reconstrucció filogenético que descriuen l'evolució de l'arquitectura dels plecs proteics.[4] La base de senyes s'ha actualisat per a reflectir l'evolució del metabolisme a nivell de famílies de plecs proteics.[5] MANET lliteralment "pinta" les ascendència d'enzimes derivades d'arbres filogenético arraïlats directament sobre més d'un centenar the representacions de vies metabòliques, rendint homenage a un dels pares del impressionisme . També oferix numeroses funcionalitats que permeten buscar plecs proteics específics en valors d'ascendència definits, visualisar la distribució de les enzimes representades i explorar detalls quantitatius que descriuen plecs proteics individuals. Açò possibilita l'estudi de rets metabòliques globals i locals, aixina com l'identificació de patrons evolutius a diferents escales.
La base de senyes és útil per a l'estudi de l'evolució metabòlica. Un anàlisis estadístic de les senyes de MANET va mostrar, per eixemple, una distribució irregular dels valors d'ascendència assignats als plecs proteics en cada subred, lo que sugerix que l'evolució del metabolisme va ocórrer de manera global per mig del reclutament generalisat d'enzimes.[6] MANET es va utilisar per a analisar els processos de reclutament enzimàtic en rets metabòliques i per a propondre que el metabolisme modern es va originar en la subred metabòlica de nucleòtits de purina.[7] L'anàlisis del metabolisme de les purinas va revelar una substitució evolutiva gradual de la química abiótica per enzimes proteiques.[8] La base de senyes també va contribuir a descobrir un rastreig de conservació física i evolutiva en l'estructura dels llocs actius durant el sorgiment de les activitats metabòliques.[9]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Frontiers in Bioscience-Landmark.27(4)
- 128.ISSN 2768-6698.doi:10.31083/j.fbl2704128.Consultat el 2026-01-19.
- ↑ «Molecular Ancestry Network, University of Illinois». www.manet.uiuc.edu. Archivat des d'el original, el 2017-07-09. Consultat el 2026-01-19.
- ↑ BMC Bioinformatics.7(1)
- 351.ISSN 1471-2105.doi:10.1186/1471-2105-7-351.Consultat el 2026-01-19.
- ↑ (2003).Genome Res.13(7)
- 1563–71.doi:10.1101/gr.1161903.
- ↑ (2019).PLOS ONE.14(10)
- i0224201.doi:10.1371/journal.posa.0224201.
- ↑ (2006).BMC Bioinformatics.7doi:10.1186/1471-2105-7-351.
- ↑ Proceedings of the National Academy of Sciences.104(22)
- 9358–9363.doi:10.1073/pnas.0701214104.Consultat el 2026-01-19.
- ↑ PLOS ONE.8(3)
- i59300.ISSN 1932-6203.doi:10.1371/journal.posa.0059300.Consultat el 2026-01-19.
- ↑ Journal of Biomolecular Structure and Dynamics.38(12)
- 3700–3719.ISSN 0739-1102.doi:10.1080/07391102.2019.1679666.Consultat el 2026-01-19.
- Este artícul conté una traducció derivada de «MANET database» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.