PubChem

PubChem és una base de senyes de molècules. És un sistema operat i mantingut pel National Center for Biotechnology Information (NCBI), part de la National Library of Medicine, part a la seua volta dels National Institutes of Health nortamericans. Es pot consultar gratuïtament a través d'internet, ademés de poder descarregar les senyes de millons d'estructures via FTP. La majoria de molècules llistades en PubChem tenen un pes molecular inferior a 2000 uma. La American Chemical Society va intentar restringir les seues activitats, alegant que competien en la seua Chemical Abstracts Service. Més de 50 proveïdors de bases de senyes contribuïxen al creiximent de PubChem.

Bases de senyes

PubChem conté tres bases de senyes primàries, en continu creiximent:

Composts

En 10.2 millons d'entrades, composts purs i mescles.

(Més informació en [1])

Substàncies

Prop de 15.5 millons d'entrades, conté mescles, extractes, complexos i substàncies no caracterisades.

(Més informació en [2])

Bioactividad

• BioAssay, resultats de bioactividad de 337 ensajos high throughput screening, en varis millons d'entrades.

(Més informació en [3])

Busques

Es pot buscar en la base de senyes per mig de numerosos paràmetros, incloent l'estructura química, nom dels fragments, fòrmula química, pes molecular, XLogP i el número d'enllaços d'hidrogen dadores i aceptores.

Té un sistema propi d'edició de molècules basat en SMILES/SMARTS i soport de InChI que permet l'importació i exportació dels formats químics més comuns per a buscar estructures i fragments.

Cada resultat conté informació sobre sinònims, propietats químiques (incloent les cadenes SMILES i InChI), bioactividad i enllaços a composts relacionats estructuralment, ademés d'enllaços a atres bases de senyes de el NCBI, com PubMed.

Es pot buscar a partir de diferents paràmetros incloent-los dins de corchetes. Es representa un ranc numèric a partir de dos números separats en dos punts (:). Els térmens de busca no distinguixen mayúscules de minúscules. S'admeten paréntesis i operadors llògics, com AND, OR i NOT. Si no s'especifica cap s'assumix AND.

Eixemple:

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]