Anar al contingut

Ferramentes de disseny de CRISPR-Cas

De L'Enciclopèdia, la wikipedia en valencià

Les ferramentes de disseny de CRISPR-Cas són plataformes de software informàtic i ferramentes bioinformáticas que s'utilisen per a facilitar el disseny d'ARN guia (ARNg) per al seu us en el sistema d'edició de gens CRISPR / Cas.

CRISPR-Cas

[editar | editar còdic]

El sistema CRISPR / Cas (repeticions palindrómicas curtes agrupades regularment interespaciadas / nucleasas associades a CRISPR) es va descobrir originalment com un mecanisme de resposta immune adquirida utilisat per archaea i bactèries. Des de llavors ha segut adoptat per a us com a ferramenta en l'ingenieria genètica d'organismes més alts.

El disseny d'un ARNg apropiat és un element important de l'edició de genoma en el sistema CRISPR / Cas. Un ARNg pot tindre interaccions no desijades ("fòra dels objectius") en atres ubicacions en el genoma d'interés, i a voltes les té. Per a un ARNg candidat donat, estes ferramentes produïxen la seua llista de possibles objectius no desijats en el genoma, lo que permet al dissenyador evaluar la seua idoneïtat abans d'embarcar-se en experiments.

Els científics també han començat a explorar la mecànica del sistema CRISPR / Cas i cuales factors determinen qué tan bo o actiu és un ARNg per a dirigir la nucleasa Cas a una ubicació específica del genoma d'interés.[1][2] Com a resultat d'este treball, s'han publicat nous métodos per a evaluar un gRNA per la seua 'activitat', i ara és una bona pràctica considerar tant les interaccions no desijades d'un gRNA com l'activitat prevista d'un gRNA en l'etapa de disseny.

Taula

[editar | editar còdic]

La següent taula enumera les ferramentes disponibles i els seus atributs.

Llista de ferramentes de disseny CRISPR-Cas
Nom de la ferramenta Proveïdor Busca objectius en tot el genoma Torna tots els objectius del genoma Es pot definir l'extensió i l'ubicació de la llavor Número màxim de desajusts admesos Prediu l'activitat de gRNA Seqüències de motiu adjacent Protospacer (PAM) disponibles anotació és sugerida sugerència de ARNg o puntuació Referències
Invitrogen TrueDesign Genome Editor Thermo Fisher Scientific Sí Sí No 3 No NGG Sí Sí [3]
Breaking-Cas Spanish National Center for Biotechnology Sí (over 1000 genomes) Sí Sí (by weights) 4 No User customizable Sí Sí [4]
Cas-OFFinder Seoul National University Sí Sí No 0-10 No NGG, NRG, NNAGAAW, NNNNGMTT No Sí [5]
CASTING Caagle Sí Sí No 3 No NGG and NAG No Sí [6]
CRISPy Technical University of Denmark Sí Sí No All No NGG Sí Sí [7]
CCTop University of Heidelberg Sí Sí Partial 5 (0-5) Sí NGG, NRG, NNGRRT, NNNNGATT, NNAGAAW, NAAAAC Sí Sí [8]
CHOPCHOP Harvard University Sí Sí Partial 0, 2 No NGG, NNAGAA, NNNNGANN No Sí [9]
CHOPCHOP v2 University of Bergen Sí Sí Sí 3 (0-3) Sí User customizable Sí Sí [10]
CRISPOR University of Califòrnia, Santa Creu TEFOR Sí (over 200 genomes) Sí No 4 Sí NGG, NGA, NGCG, NNAGAA, NGGNG, NNGRRT, NNNRRT, NNNNGMTT, NNNNACA, TTTN Sí Sí [11]
CRISPR Design Zhang Lab, MIT Sí No No 4 No NGG and NAG mRNA exons Sí [12]
CRISPRdirect Database Center for Life Science (DBCLS) Sí (over 200 species) Sí No Any number No NNN Sí Sí [13]
CRISPRscan Giraldez Lab, Yale Sí Sí No 4 Sí NGG, TTTV, TTTN Sí Sí [14]
CRISPRseek Bioconductor Sí Sí No Any number No User customizable mRNA exons Sí [15]
DESKGEN Desktop Genetics Sí Sí Sí Any number Sí Fully user customizable Sí Sí [16]
GuideScan GuideScan Sí Sí Sí 3 on website and customizable with command line Sí NGG/NAG on website and customizable with command line Sí Sí [17]
GT-Scan CSIRO Sí Sí Sí 3 (0-3) No User customizable Links to Ensembl genome browser Sí [18]
Off-Spotter Thomas Jefferson University Sí Sí Sí 0-5 NGG, NAG, NNNNACA, NNGRRT (R is A or G) mRNA exons, unspliced mRNA, mRNA, 5'UTR, CDS, 3'UTR, unspliced lincRNA, lincRNA User customizable [19]
sgRNA Designer Broad Institute No No No 0 Sí NGG CDS (if searching by transcript ID) Sí [1]
Synthego Design Tool Synthego Sí (over 120,000 genomes) No (Optimized for Knockout) Sí 3 Sí NGG Sí (RefSeq, Ensembl, Gencode) Sí
TUSCAN CSIRO No No No 0 Sí NGG No Sí [20]
VARSCOT CSIRO Sí Sí No 0-8 Sí User customizable No Sí [21]
CRISPR Targeted Gene Designer Horizon Discovery Sí, múltiple Sí Sí 4 Sí NGG, NNGRRT, YTTV, other Sí Sí (21)


Referències

[editar | editar còdic]
  1. ↑ 1,0 1,1 Nature Biotechnology.32(12)
    1262–7.doi:10.1038/nbt.3026.
  2. ↑ Nature Methods.12(9)
    823–6.doi:10.1038/nmeth.3473.
  3. ↑ Journal of Biotechnology.241
    136–146.ISSN 0168-1656.doi:10.1016/j.jbiotec.2016.11.011.
  4. ↑ Nucleic Acids Research.44(W1)
    W267-71.doi:10.1093/nar/gkw407.
  5. ↑ Bioinformatics.30(10)
    1473–5.doi:10.1093/bioinformatics/btu048.
  6. ↑ Scientific Reports.6
    35766.doi:10.1038/srep35766.
  7. ↑ Biotechnology and Bioengineering.111(8)
    1604–1616.doi:10.1002/bit.25233.
  8. ↑ (2015).PLOS ONE.10(4)
    i0124633.doi:10.1371/journal.posa.0124633.
  9. ↑ Nucleic Acids Research.42(Web Server issue)
    W401-7.doi:10.1093/nar/gku410.
  10. ↑ Nucleic Acids Research.44(W1)
    W272–6.doi:10.1093/nar/gkw398.
  11. ↑ Genome Biology.17(1)
    148.doi:10.1186/s13059-016-1012-2.
  12. ↑ Nature Biotechnology.31(9)
    827–32.doi:10.1038/nbt.2647.
  13. ↑ Bioinformatics.31(7)
    1120–3.doi:10.1093/bioinformatics/btu743.
  14. ↑ Nature Methods.12(10)
    982–8.doi:10.1038/nmeth.3543.
  15. ↑ (2014).PLOS ONE.9(9)
    i108424.doi:10.1371/journal.posa.0108424.
  16. ↑ «[1]».
  17. ↑ Nature Biotechnology.35(4)
    347–349.doi:10.1038/nbt.3804.
  18. ↑ Bioinformatics.30(18)
    2673–5.doi:10.1093/bioinformatics/btu354.
  19. ↑ Biology Direct.10(1)
    4.doi:10.1186/s13062-015-0035-z.
  20. ↑ The CRISPR Journal.1(2)
    182–190.doi:10.1089/crispr.2017.0021.
  21. ↑ BMC Biotechnology.19(1)
    40.doi:10.1186/s12896-019-0535-5.
Obtingut de «https://www.lenciclopedia.org/w/index.php?title=Ferramentes_de_disseny_de_CRISPR-Cas&oldid=678499»