GenBank
GenBank és la base de senyes de seqüències genèticas del NIH (National Institutes of Health d'Estats Units), una colecció de disponibilitat pública de seqüències d'ADN. Realisa una posada al dia cada dos mesos.[1]
GenBank és part de International Nucleotide Sequence Database Collaboration, que està integrada per la base de senyes de ADN de Japó (DNA DataBank of Japan (DDBJ)), el Laboratori Europeu de Biologia Molecular (European Molecular Biology Laboratory (EMBL)), i GenBank en el National Center for Biotechnology Information (NCBI). Estes organisacions intercanvien senyes diàriament. GenBank i els seus colaboradors reben seqüències genètiques produïdes en laboratoris de tot lo món, procedents de més de 500 000 espècies formalment descrites.[2] GenBank continua creixent a ritme exponencial, doblant la cantitat d'informació continguda cada 18 mesos.[2][3] Segons la documentació de la versió 250.0 de GenBank, a data de juny de 2022, la base de senyes conté més de 2 450 millons de seqüències, comprenent més de 17 billons de bases de nucleòtits.[4]
Les comunicacions directes en GenBank es fan utilisant BankIt, que és un format basat en la Web, o el programa independent Sequin. Despuix de la recepció d'una seqüència, el personal de GenBank assigna un número d'accés a la seqüència i realisa controls de calitat. Després, les presentacions són publicades en la base de senyes pública, en a on les entrades són recuperables per Entrez o es pot descarregar per FTP. La majoria de les presentacions de Expressed Sequence Tag (EST), Sequence Tagged Site (STB), Genome Survey Sequence (SSG) i High-Throughput Genome Sequence (HTGS) són presentades pels grans centres de seqüenciació. El grup de presentacions directes de GenBank també processa les seqüències completes del genoma microbiano.
Història
[editar | editar còdic]Walter Goad del grup de Biologia teòrica i biofísica del Laboratori Nacional Els Àlbers i uns atres, varen fundar la base de senyes de seqüències d'Els Àlbers (LANL) en 1979,[5] que va culminar en 1982 en la creació de GenBank per part dels Instituts Nacionals de Salut (National Institutes of Health, NIH), la Fundació Nacional de Ciència, el Departament Energia i el de Defensa d'EE. UU.. LANL va colaborar en GenBank gràcies al treball de Bolt, Beranek i Newman. Cap a fins de 1983 hi havia més de 2 000 seqüències almagasenades en ell.
A mitan dels '80, la companyia de bioinformática Intelligenetics de l'Universitat de Stanford va manejar el proyecte GenBank en colaboració en LANL.
El proyecte GenBank va llançar el grup de notícies BIOSCI/Bionet que va ser un dels primers proyectes de la comunitat bioinformática en Internet, i el fi de la qual era la promoció de comunicacions lliures entre biocientíficos. Des de 1989 a 1992, el proyecte GenBank va tindre una transició cap al recent creat Centre Nacional per a l'Informació Biotecnológica (NCBI).
Creiximent
[editar | editar còdic]D'acort en la versió 250.0 de GenBank (juny 2022), la base de senyes almagasena més de 239 millons de loci i 1,39 billons de nucleòtits, corresponents a 239 millons de seqüències de registres tradicionals de GenBank. També inclou conjunts de senyes adicionals i processats de manera automàtica a partir de les seqüències tradicionals. Estos procedixen de proyectes no finalisats de seqüenciació per mig de Whole Genome Shotgun (WGS), Transcription Shotgun Assembly (TSA) i Targeted Loci Study (TLS).[4]
Els 20 organismes en el major número de parells de bases en la base de senyes són:[4]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ «GenBank Overview». www.ncbi.nlm.nih.gov. Consultat el 2021-04-26.
- ↑ 2,0 2,1 Nucleic Acids Research.50(D1)
- D161–D164.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/gkab1135.Consultat el 2022-07-24.
- ↑ Nucleic Acids Research.36(Database issue)
- D25–D30.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/gkm929.Consultat el 2021-04-19.
- ↑ 4,0 4,1 4,2 «Documentació de la versió 250.0 de GenBank» (en inglés). Consultat el 24 de juliol 2022.
- ↑ Isabel Rei Flare. Gbif (ed.): «¿Qué és Genbank?» (PDF). Consultat el 26 d'abril de 2021.
- Este artícul conté una traducció derivada de «GenBank» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.