MrBayes

MrBayes és un programario informàtic especialment dissenyat per a l'inferència bayesiana en filogenias que inclou tots els models de substitució nucleotídica, aminoacidíca i codónica desenrollat per a anàlisis de verosimilitut.

L'inferència bayesiana de filogenias es basa en la provabilitat a posteriori de la distribució d'arbres, que és la provabilitat d'un arbre condicionat per les observacions. El condicionamiento es conseguix a través del teorema de Bayes, no obstant, en general els càlculs associats a esta teorema no poden ser evaluat analíticamente de manera senzilla. MrBayes utilisa una simulació, no només implementant l'algoritme estàndar per a anàlisis filogenético bayesiano de cadenes de Markov a través del método de Mont Carlo o MCMC (Markov chain Monte Carlo), si no també una variant més eficaç en la busca d'arbres filogenético, l'algoritme Metropoli-coupled Markov chain Monte Carlo.

Algunes propietats d'este programa són:

• MrBayes pren com a entrada una matriu de caràcters en format d'archiu NEXUS.
• Presenta un interfaç en llínea de comandos, pero també es pot utilisar enviant comandos en fichers (o inclosos en el alineamiento per mig de blocs específics en format NEXUS).
• Implementa varis models evolutius: modele 4x4 per a substitucions de DNA, models 20x20 per a substitucions d'aminoàcits, models de substitucions en codones o inclús models de variacions de taxes per mig de distribució gamma.
• Facilitat per a travar en distints tipos de senyes: nucleòtits, aminoàcits, caràcters morfològics.
• L'usuari pot fixar propietats dels paràmetros a analisar i modificar algunes assunció que presenten els models de substitució.
• Este programa pot inferir estats ancestrals mentres que acomoda l'incertitut sobre els paràmetros dels arbres filogenético i del model evolutiu.

Referències

Bibliografia

• Ronquist, et al. “MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice Across a Large Model Space.” Systematic Biology (2012).
• Huelsenbeck and Ronquist. “MrBayes: Bayesian Inference of Phylogenetic Trees.” Bioinformatics Applications Note. Vol 17 N.º 8 Pages 754-755. Oxford University Press (2001).

Referències externes

• http://mrbayes.sourceforge.net/