Biopython

El proyecte 'Biopython' és el nom que rep una série d'aplicacions i programes informàtics pensats per a quantificar i fer càlculs en senyes biològiques, programats per una comunitat internacional. El seu objectiu principal és el de desenrollar el major número possible de biblioteques informàtiques basades en el llenguage de programació Python, que tinguen aplicacions bioinformáticas i que estiguen disponibles per a un públic lo més ampli possible. Açò és possible gràcies a una llicència de còdic obert específica, cridada llicència Biopython, que és molt poc restrictiva.

Biophython permet representar seqüències biològiques i anotacions de genomes i és capaç de comunicar en les bases de senyes biològiques en llínea del NCBI per a fer càlculs. Ademés, gràcies a diversos mòduls, pot ser utilisada per a treballar sobre proyectes relatius al alineamiento de seqüències, càlcul d'estructures proteiques, genètica de poblacions, filogenético i inteligència artificial.

Història

El desenroll de Biopython va començar en 1999 i la seua primera versió va ser publicada en juliol de 2000. Va ser desenrollat en un periodo de temps i en objectius similars als d'atres aplicacions bioinformáticas, com BioPerl, BioRuby i BioJava. Entre els primers desenrolladors es conten Jeff Chang, Andrew Dalke and Brad Chapman, encara que més de 100 colaboradors han contribuït al proyecte fins a la data. En 2007 comença un proyecte similar cridat PyCogent.

Disseny

Sempre que és possible, en les aplicacions Biopython s'usa el llenguage de programació Python, de manera que siga més fàcil d'utilisar per als usuaris d'este llenguage. Biopython és capaç de llegir i modificar la majoria de formats habituals per a cada una de les seues àrees d'activitat, i la seua llicència és compatible en la majoria de llicències de còdic obert, de manera que pot ser utilisat per a crear una gran varietat de proyectes informàtics.