BioJava
BioJava[1] és un proyecte de còdic obert dedicat a proveir ferramentes Java per al processament de senyes biològiques.[2][3] BioJava és un conjunt de biblioteques escrites en el llenguage de programació Java per a manipular seqüències, estructures de proteïnes, conversores d'archius (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, l'accés a AceDB, programació dinàmica i rutines estadístiques simples. BioJava és compatible en una àmplia gama de senyes, a partir de ADN i seqüències de proteïnes a nivell de les estructures 3D de proteïnes. Les biblioteques BioJava són útils per a l'automatisació de moltes tasques quotidianes i mundanes de la bioinformática com per a analisar un archiu PDB , interactuant en Jmol i molts més. Esta interfaç de programació d'aplicacions oferix diversos programes d'anàlisis d'archius, models de senyes i algoritmes per a facilitar el treball en els formats de senyes estàndar i permet el desenroll ràpit d'aplicacions i anàlisis. Estes biblioteques també s'han utilisat en el desenroll de diverses ferramentes d'anàlisis estés, per eixemple :
- MUSI : Un sistema integrat per a l'identificació de la especificitat múltiple d'un péptido de gran tamany o un conjunt de senyes d'àcits nucleicos[4]
- JEnsembl : Una versió-aware de Java API per als sistemes de senyes Ensembl[5]
- Perfils d'expressió de grups de firmes genètiques en el método d'amplificament Trinucleotide threading (TnT)[6]
- La resolució de les característiques estructurals de les illes genómicas : un enfocament d'aprenentage automàtic[7]
- Biblioteca d'utilitat per a la bioinformática estructural[8]
El proyecte BioJava va sorgir del treball de Thomas Down i Mateo Pocock per a crear una API per a simplificar el desenroll de ferramentes bioinformáticas basades en Java. BioJava és un proyecte de còdic obert actiu que s'ha desenrollat durant més de 12 anys i en més de 60 desenrolladors. BioJava és un d'una série de Bio *. Proyectes dissenyats per a reduir la duplicació de còdic.[9] Els eixemples d'este tipo de proyectes que s'emmarquen en Bio * aparte de BioJava són BioPython ,[10] BioPerl ,[11]BioRuby ,[12] EMBOSS[13] etc.
L'última versió de BioJava (3.0.5) és una important actualisació de les versions anteriors. La nova versió de BioJava conté varis mòduls independents. El vell proyecte ha segut traslladat a un proyecte independent cridat proyecte BioJava-legacy.
La versió més recent de BioJava és 4.1.0.
Característiques
[editar | editar còdic]BioJava proporciona mòduls de software per a moltes de les tasques típiques de la programació de la bioinformática. Estes inclouen:
- Accés a les senyes de nucleòtits i a la seqüència de péptido de bases de senyes locals i remotes.
- La transformació de formats de registres de base de senyes / archius.
- Anàlisis i manipulació de l'estructura de la proteïna.
- La manipulació de seqüències individuals.
- Busca seqüències similars.
- Creació i manipulació d'alineamientos de seqüències.
- Interfaç de visualisació en Swing i AWT
Requeriments
[editar | editar còdic]Des de la versió 3 de BioJava es requerix JDK 1.6.
Llicència
[editar | editar còdic]BioJava es troba llicenciat en LGPL v2.1
Per a llicenciar els archius de BioJava, se seguix el tutorial.
Història i Publicacions
[editar | editar còdic]En l'any 2008, es va publicar la nota de solicitut de BioJava. Es migró des del seu repositori CVS original al centre de GitHub en abril de 2013.[14]
En octubre de 2012, es va publicar el document més recent sobre BioJava. A partir de novembre de 2012 Google Academic conta en més de 130 cites.
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Prlić A, Yates A, Bliven SE. “BioJava: an open-source framework for bioinformatics in 2012”. Bioinformatics 28 (20): 2693–5. doi:. PMID 22877863. PMC:3467744.
- ↑ Holland RC, Down TA, Pocock M, Prlić A, Huen D, James K (2008). “BioJava: an open-source framework for bioinformatics.”. Bioinformatics 24 (18): 2096–7. doi:. PMID 18689808.
- ↑ VS Matha and P Kangueane, 2009, Bioinformatics: a concept-based introduction, 2009. p26
- ↑ Kim T, Tyndel MS, Huang H. “MUSI: an integrated system for identifying multiple specificity from very large peptide or nucleic acid data sets”. Nucleic Acids Res. 40 (6): i47. doi:. PMID 22210894. PMC:3315295.
- ↑ Paterson T, Law A. “JEnsembl: a version-aware Java API to Ensembl data systems”. Bioinformatics 28 (21): 2724–31. doi:. PMID 22945789. PMC:3476335.
- ↑ Zajac P, Pettersson I, Gry M, Lundeberg J, Ahmadian A. “Expression profiling of signature gene sets with trinucleotide threading”. Genomics 91 (2): 209–17. doi:. PMID 18061398.
- ↑ Vernikos GS, Parkhill J. “Resolving the structural features of genomic islands: a machine learning approach”. Genome Res. 18 (2): 331–42. doi:. PMID 18071028. PMC:2203631.
- ↑ Gront D, Kolinski A. “Utility library for structural bioinformatics”. Bioinformatics 24 (4): 584–5. doi:. PMID 18227118.
- ↑ Mangalam H (2002). “The Bio* toolkits--a brief overview.”. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 3 (3): 296–302. doi:. PMID 12230038.
- ↑ Cock PJ, Antao T, Chang JT. “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11): 1422–3. doi:. PMID 19304878. PMC:2682512.
- ↑ Stajich JE, Block D, Boulez K. “The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences”. Genome Res. 12 (10): 1611–8. doi:. PMID 12368254. PMC:187536.
- ↑ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T. “BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language”. Bioinformatics 26 (20): 2617–9. doi:. PMID 20739307. PMC:2951089.
- ↑ Rulle P, Longden I, Bleasby A. “EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite”. Trends Genet. 16 (6): 276–7. doi:. PMID 10827456.
- ↑ «History». Consultat el 30 Jan 2015.
- Este artícul conté una traducció derivada de «BioJava» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.