EMBOSS

PEPWHEEL, una ferramenta de EMBOSS, analisant l'estructura proteica d'una hèliç alfa proteica.

EMBOSS és una suite bioinformática de tipo open source creada per EMBnet que és amprada fonamentalment en biologia molecular i genètica. EMBOSS és un acrònim procedent de l'anglés «Iuropean Molecular Biology Open Software Suite». Es tracta d'un software versàtil que rep senyes en multitut de formats i que els analisa de múltiples maneres. Conté multitut de ferramentes centrades en l'anàlisis d'àcits nucleicos i proteïnas. Si be s'eixecuta en la llínea de comandos, existixen GUIs que faciliten la seua manipulació baix un entorn gràfic.

Aplicacions de EMBOSS

Grup	Descripció
Acd	Utilitats per a archius Acd
Alignment consensus	Obté seqüències consens
Alignment differences	Troba diferències entre seqüències
Alignment dot plots	Comparacions de seqüències tipo dot blot
Alignment global	Alineamiento de seqüències global
Alignment local	Alineamiento de seqüències local
Alignment multiple	Alineamiento de seqüències múltiple
Display	Mostra seqüències
Edit	Edita seqüències
Enzyme kinetics	Calcula paràmetros de cinètica enzimàtica
Feature tables	Ferramentes d'anotació
HMM	Anàlisis de model amagat de Márkov
Information	Ajuda general i informació
Menus	Interfaç de menús
Nucleic 2d structure	Estructura secundària d'àcits nucleicos
Nucleic codon usage	Us de codones
Nucleic composition	Composició de nucleòtits d'un àcit nucleico
Nucleic CpG islands	Detecció d'illes Cpg
Nucleic gene finding	Predicció de gens
Nucleic motifs	Busca de motius en àcits nucleicos
Nucleic mutation	Mutació d'àcits nucleicos
Nucleic primers	Predicció de cebadorés
Nucleic profiles	Generació de perfils d'àcits nucleicos
Nucleic repeats	Detecció de repeticions en àcit nucleicos
Nucleic restriction	Anàlisis de restricció
Nucleic RNA folding	Anàlisis del plegament de ARN
Nucleic transcription	Predicció de promotors, terminadores i factor de transcripció
Nucleic translation	Traducció de seqüències
Phylogeny consensus	Métodos de filogenia per consens
Phylogeny continuous characters	Métodos de filogenia per caràcter continu
Phylogeny discrete characters	Métodos de filogenia per caràcter discret
Phylogeny distance matrix	Métodos de filogenia per distància
Phylogeny gene frequencies	Métodos de filogenia per freqüència gènica
Phylogeny molecular sequence	Anàlisis de seqüències i filogenia
Phylogeny tree drawing	Dibuixe d'arbres filogenético
Protein 2d structure	Estructura secundària de les proteïnes
Protein 3d structure	Estructura terciaria de les proteïnes
Protein composition	Composició de seqüències proteiques
Protein motifs	Busca de motius proteics
Protein mutation	Mutació de proteïnes
Protein profiles	Busca en perfils de proteïnes
Test	Ferramentes de prova, no per a us general
Utils database creation	Instalació de bases de senyes
Utils database indexing	Indexat de bases de senyes
Utils misc	Utilitats vàries