BioPerl
BioPerl és un software de còdic obert dissenyat a partir de la colaboració entre bioinformáticos, biòlecs i científics de l'àrea de la computació, davant la necessitat d'analisar i resoldre problemes de la bioinformática.[1] BioPerl és un proyecte actiu finançat per l'Open Bioinformatics Foundation, basat en mòduls de Perl en la finalitat de facilitar l'administració i manipulació d'informació relacionada en ciències de la vida .[1] Tals mòduls són interfaços de tipos de senyes de seqüències, alineamientos (BLAST, Clustal), característiques i localisacions gèniques i bases de senyes (GenBank), entre unes atres. En la finalitat d'aprofitar BioPerl, l'usuari necessita una comprensió bàsica del llenguage de programació Perl que incloga una comprensió de l'us de referències, mòduls, objectes i métodos.
La primera versió estable va ser llançada l'11 de juny de 2002; l'última estable (en térmens de l'API) és la 1.6.9, llançada en abril de 2011. També hi ha llançaments periòdics produïts per desenrolladors. La versió 1.6.0 és considerada la més estable (en térmens d'errors) i la versió de BioPerl es recomana per a l'us diari, es basa en Nightly Builds, també estable.
BioPerl ha eixercitat un paper integral en el Proyecte Genoma Humà.[2]
Característiques
[editar | editar còdic]BioPerl proveïx de mòduls de software per a moltes tasques típiques de programació en bioinformática. Estes inclouen:
- Accés a senyes a seqüències de ADN i d'aminoàcits de bases de senyes locals i remotes.
- Transformació de formats de bases de senyes i archius de registre.
- Manipulació de seqüències individuals.
- Busca de seqüències similars.
- Creació i manipulació d'alineamientos de seqüències.
- Busca de genés i atres estructures de el ADN genómico.
- Desenroll d'anotacions de seqüència llegibles per màquina.
Aplicacions
[editar | editar còdic]Ademés de ser usat directament per usuaris finals,[3] BioPerl també ha proveït d'una base per a una varietat de ferramentes bioinformáticas, incloent entre unes atres:
- TFBS[7]
- MIMOX[8]
- BioParser[9]
- Disseny de cebadorés degenerados[10]
- Busca en bases de senyes públiques[11]
- Current Comparative Table[12]
Noves ferramentes i algoritmes de desenrolladors externs són en freqüència integrats directament en BioPerl:
- Maneig d'arbres filogenético i tàxons anidados[13]
- Ferramentes web FPC[14]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ 1,0 1,1 Genome Research.doi:10.1101/gr.361602.Consultat el 4 de decembre de 2015.
- ↑ Lincoln D. SteinThe Perl Journal.1(2)
- ↑ Khaja R, MacDonald J, Zhang J, Scherer SMethods Mol Biol.338
- 9–20.
- ↑ Nature Biotechnology.doi:10.1038/nbt.1883.Consultat el 4 de decembre de 2015.
- ↑ Pa X, Stein L, Brendel V(2005).Bioinformatics.21(17)
- 3461–8.doi:10.1093/bioinformatics/bti555.
- ↑ Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B(2003).Bioinformatics.19(10)
- 1296–7.doi:10.1093/bioinformatics/btg139.
- ↑ Lenhard B, Wasserman W(2002).Bioinformatics.18(8)
- 1135–6.doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135.
- ↑ Huang J, Gutteridge A, Fonda W, Kanehisa M(2006).BMC Bioinformatics.7
- 451.doi:10.1186/1471-2105-7-451.
- ↑ Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A(2006).Appl Bioinformatics.5(1)
- 49–53.doi:10.2165/00822942-200605010-00007.
- ↑ Wei X, Kuhn D, Narasimhan GProc IEEE Comput Soc Bioinform Conf.2
- 75–83.
- ↑ Croce O, Lamarre M, Christen R(2006).BMC Bioinformatics.7
- 45.doi:10.1186/1471-2105-7-45.
- ↑ Landsteiner B, Olson M, Rutherford R(2005).Nucleic Acids Res.33(Web Server issue)
- W770–3.doi:10.1093/nar/gki432.
- ↑ Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valenta G(2006).J Math Biol.53(3)
- 340–64.doi:10.1007/s00285-006-0011-4.
- ↑ Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C(2005).Plant Physiol.138(1)
- 116–26.doi:10.1104/pp.104.056291.
- Este artícul conté una traducció derivada de «BioPerl» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.