SBML
SBML són les sigles en anglés de Systems Biology Markup Language (llenguage de marcat para Biologia de sistemes). És el nom d'un llenguage de descripció basat en XML que s'utilisa per a representar models de processos biològics. SBML pot representar rets metabòliques, rutes de senyalisació celular, rets de regulació gèniques, i moltes atres classes de sistemes. [1] [2] [3]
Història
[editar | editar còdic]En l'any 2000, en fondos de la [http://www.jst.go.jp/___caps_10___/ Japan Science and Technology Corporation (JST)], Hiroaki Kitano i John C. Doyle varen reunir un chicotet grup d'investigadors per a desenrollar una millor infraestructura de software per a generar models computacionals en la biologia de sistemes. Hamid Bolouri va ser el líder del grup de desenrolladors format per Andrew Finney, Herbert Sauro, i Michael Hucka.[4] El seu treball inicial se centrava en un sistema per a permetre la intercomunicación d'un subconjunt de paquets de software de simulació. Este subconjunt estava format per DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac [1] archivat en Wayback Machine., StochSim i The Virtual Cell [2] archivat en Wayback Machine.. Els grups que desenrollaven estes ferramentes es varen trobar entre el 28 i el 29 d'abril de 2000 en el taller de plataformes de software parell biologia molecular ERATO, celebrat en el Califòrnia Institute of Technology. Durant el taller va quedar clar que era necessari un format comú per a la representació de models que fora intercanviable entre les ferramentes de software. Els assistents al taller varen decidir que el format deuria ser codificat en XML. l'equip ERATO de Caltech va desenrollar una proposta de format i va circular el borrador de definició per als assistents a la reunió d'agost de 2000. Estes borrador va ser somés a una àmplia discussió en llistes de correus i durant el segon taller sobre Plataformes de Software de la Biologia de Sistemes que va tindre lloc en Tòquio, Japó, en novembre de 2000, un taller satèlit de la conferència ICSB 2000. Despuix de revisions i discussions posteriors, l'equip de Caltech va llançar una especificació del [https://www.sbml.org/specifications/sbml-level-1/version-1/ SBML nivell 1, Versió 1] en març de 2001.
El SBML nivell 2 va ser concebut en el 5º taller de plataformes de software per a sistemes biològics que es va celebrar en juliol de 2002 en l'Universitat de Hertfordshire.[5]
Per eixes dates, cada volta més persones es varen implicar en el grup de colaboradors de el SBML
de manera que es va convertir en un esforç comunitari, en moltes ferramentes noves que s'anaven millorant per a soportar SBML.
Els participants en el taller de 2002 varen decidir colectivament revisar la forma de SBML en el nivell 2. El primer borrador de l'especificació Versió 1 Nivell 2
va ser lliberada en agost de 2002 i el grup final de característiques es va finalisar en maig de 2003 en el 7º taller de plataformes de software per a biologia de sistemes en Ft. Lauderdale, Florida.
La següent iteración de el SBML va dur dos anys en part perque als desenrolladors de software els va costar temps absorbir i comprendre el SBML Nivell 2, més gran i complex. L'inevitable descobriment de les llimitacions i errors va conduir al desenroll del [https://www.sbml.org/specifications/sbml-level-2/version-2 SBML Nivell 2 Versió 2], llançat en setembre de 2006. Per eixa data, l'equip d'editors de SBML (que varen reconciliar les propostes de canvis i varen escriure un document final d'especificacions coherent) havia canviat i ara estava format per had Andrew Finney, Michael Hucka i Nicolas Li Novère.
El SBML Nivell 2 Versió 3 va ser publicat en 2007 despuix d'incontables contribucions i discutit per la comunitat SBML. En 2007 també va tindre lloc l'elecció de dos nous editors de SBML (Sarah Keating i Stefan Hoops). En 2008, Darren J. Wilkinson i Sven Sahle varen ser elegits com a editors mentres que Andrew Finney i Michael Hucka varen abandonar l'equip. Michael Hucka va continuar com a president dels editors de SBML.
El SBML Nivell 2 Versió 4 va ser publicat en 2008 despuix de certs canvis en el Nivell 2 que varen ser solicitats per petició popular. (Per eixemple, una votació electrònica per la comunitat SBML a finals de 2007 va indicar que la majoria preferia no requerir una estricta consistència unitària ans que un model SBML fora considerat vàlit). La versió 4 va ser finalisada despuix de la reunió del Fòrum de SBML qlue va tindre lloc en Gotemburgo, Suècia, com a taller satèlit del ICSB 2008 en l'autumne de 2008.[6]
Comunitat
[editar | editar còdic]A data de juny de 2010 183 sistemes de software declaren soportar SBML. Es pot obtindre una llista actualisada de la SBML guia de software [3] archivat en Wayback Machine., albergada en sbml.org.
SBML continua sent desenrollat per una comunitat de persones que creen plataformes de software per a biologia de sistemes per mig d'una discussió en llistes de correu molt actives i tallers bianuals. Les reunions solen tindre lloc en conjunció en atres conferències de biologia, especialment la International Conference on Systems Biology (ICSB). Els esforços de la comunitat estan coordinats per una directiva editorial composta per cinc membres i elegida per la comunitat. Cada editor és elegit per un determini no renovable de 3 anys.
Les ferramentes són desenrollades en part per l'equip de SBML i en part per la comunitat. Alguns eixemples són: on-line model validator, biblioteques open-source per a incorporar SBML en software programat en C, C++, Java, Python, Mathematica, MATLAB i atres llenguages.
SBML és un tipo MIME IETF oficial, en l'especificació RFC 3823.[7]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Hucka M, Finney A, Sauro HM, Bolouri H, Doyle JC, Kitano H et al.(2003).Bioinformatics.19(4)
- 524–31.
- ↑ Finney A, Hucka M(2003).Biochem Soc Trans.31(Pt 6)
- 1472–3.
- ↑ Hucka M, Finney A, Bornstein BJ, Keating SM, Shapiro BE, Matthews J et al.(2004).Syst Biol (Stevenage).1(1)
- 41–53.
- ↑ «History of SBML». Archivat des d'el original, el 18 de juliol de 2011.
- ↑ SBML Team. «The 5th Workshop on Software Platforms for Systems Biology». Archivat des d'el original, el 9 de novembre de 2010.
- ↑ SBML Team. «The 13th SBML Forum». Archivat des d'el original, el 18 de juliol de 2011.
- ↑ «MIME Mija Type for the Systems Biology Markup Language (SBML).». IETF Request for Comments 3823.
- Este artícul conté una traducció derivada de «SBML» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.