Sonda molecular

Vore també: sonda d'hibridació

Una sonda (en anglés, probe) és un fragment d'ADN (o rarament ARN) de chicotet tamany (normalment entre 100 i 1000 bases) usat en biologia molecular com a ferramenta per a detectar la presència de seqüències complementàries a el ADN o ARN diana o objectiu.^{cita requerida} La sonda sol unir-se a la seqüència diana monocatenaria (ADN_1c o ARN) per mig d'un mecanisme d'hibridació que forma una estructura bicatenaria, una dels bri pertany a la sonda, i l'atra a la seqüència diana. Esta unió s'establix perque tant la sonda com la diana tenen seqüències parcial o totalment complementàries en les seues parells de bases.^{cita requerida}

Marcage

Per a visualisar les molècules diana s'utilisa una sonda marcada, radiactivamente o per mig de marcage immunològic. Per a l'us de ADN de doble cadena primerament és necessari desnaturalizarlo per mig de calor o en condicions d'alta alcalinidad. Esta sonda de cadena simple marcada s'unix a la diana i els llocs d'unió es detecten per mig de fotografia. En els métodos més alvançats s'utilisen marcages per mig de fluorescència que emeten senyals detectades per mig de làser, com l'utilisat en la PCR a temps real.^{cita requerida}

La sonda de ADN és una tècnica que permet tallar, repegar, multiplicar i seleccionar fragments de ADN.^{cita requerida}

Radiactivitat

Es pot marcar radiactivamente la sonda utilisat nucleòtits que tinguen en algun dels seus àtoms un isòtop radiactiu, normalment ³²P encara que també és freqüent l'us de triti.^{cita requerida}

Immunològic

Encara que el marcage radiactiu és molt sensible, comporta el perill associat a l'utilisació de radiactivitat. Per a evitar este perill es varen desenrollar atres métodos de marcage basats en anticòss. Les sondes es marquen utilisant nucleòtits que duen unida una molècula (digoxigenina), a la solució se li afigen anticossos específics que s'unixen a eixa molècula; i estos anticossos duen associat un compost luminescent o fluorescent (Com el CDP-Star) que deixa impronta fotogràfica.^{cita requerida}

Southern i Northern blot

Vore també: Northern blot i Southern blot

Independentment de la naturalea de la sonda utilisada (ADN o ARN), les hibridacions efectuades sobre àcits nucleicos immovilisats en membranes o in situ, seran de tipo Southern quan s'use ADN com a diana a detectar i de tipo Northern quan la diana a detectar siga majoritàriament de ARN.^{cita requerida} La sonda molecular s'utilisa per a la busca de gens específics, de tal forma que construïx una molècula que fa les voltes de detector de gens.