Anex:Software lliure en bioinformática

BroadEsta és una llista de software bioinformático i publicat baix llicència de software de còdic obert.

Software	Descripció	Plataforma	Llicència	Desenrollador
.NETO Bio	Set de ferramentes basat en Microsoft 4.0 .NET per a ajudar desenrolladors, investigadors, i científics	.Marco NETO	Apache	Proyecte colaboratiu
ÁNFORA	Software d'anàlisis de Metagenómica	Linux	GPL	Plantilla:Cela
Anduril	Sistema de fluix de treball per a anàlisis de senyes orientat a objectes.	Linux, macOS, Windows	GPL	Universitat d'Helsinki
Ascalaph Dissenyador	Programa d'ordenador de propòsit general per a modelació molecular, simulació i disseny molecular.	Plantilla:Cela	GPLv2	Agile Molecule
AutoDock	Paquet de software per a realisar docking	GNU/Linux, macOS, IRIX, and Microsoft Windows	GPL	Institut d'Investigació Scripps
Avogadro	Editor i visualisador de molècules	Plantilla:Cela	GPL	Proyecte colaboratiu
Bioclipse	Plataforma visual para chemo- i bioinformatica basat en la Plataforma Eclipse de Client Ric (RCP)	Plantilla:Cela	Pública d'eclipse	El Proyecte Bioclipse
Bioconductor	Paquet de ferramentes per a llenguage R	Linux, macOS, Windows	Artístic 2.0	Fred Hutchinson Centre d'investigació del Càncer
BioJava	Paquet de ferramentes per a llenguage Java	Linux, macOS, Windows	LGPL v2.1	Fundació bioinformática oberta
BioJS	Paquet de ferramentes per a llenguage Javascript	Navegador d'web	Apache	Proyecte colaboratiu
BioMOBY	Registre de servicis web	Navegador d'web	Artístic	Fundació bioinformática oberta
BioPerl	Paquet de ferramentes per a llenguage Perl	Multiplataforma	Artístic, GPL	Fundació bioinformática oberta
BioPHP	Paquet de ferramentes per a llenguage PHP	Plantilla:Cela	GPL v2	Fundació bioinformática oberta
Biopython	Paquet de ferramentes per a llenguage Python	Multiplataforma	Biopython	Fundació bioinformática oberta
BioRuby	Paquet de ferramentes per a llenguage Ruby	Plantilla:Cela	GPL v2 o Ruby	Fundació bioinformática oberta
CP2K	Simulació atomística de sistemes d'estat sòlit, líquit, moleculars i biològics	Plantilla:Cela	GPL I LGPL	Còdic obert lliure GNU GPLv2 o més tart
EMBOSS	Conjunt de paquets per a seqüenciació i busca bioinformática	Plantilla:Cela	GPL I LGPL	Proyecte colaboratiu
Galàxia	Sistema d'integració de senyes i Fluix de treball científic	Estil Unix	Acadèmic Lliure	Proyecte colaboratiu
GenePattern	Sistema de fluix de treball científic que proporciona centenars de ferramentes d'anàlisis genómico	Estil Unix (servidor públic); Linux, macOS, Windows	MIT	Institut Broad , UC Sant Diego
Geworkbench	Plataforma d'integració de senya genómica	Linux, macOS, Windows	GeWorkbench Llicencia	Columbia Universitat
GMOD	Toolkit Per a dirigir molts reptes comuns en bases de senyes biològiques	Estil Unix (servidor), navegador d'Web (client)	Varia depén de la ferramenta	Proyecte colaboratiu
GenGIS	Sistema per a combinar informació de mapes en seqüències biològiques.	Windows, macOS	GPL	Proyecte colaboratiu
Genomespace	Aplicació web centralisada que proporciona transformacions de format de la senya i facilita conexions en atres ferramentes bioinformáticas	Navegador d'web	LGPL	Institut Broad, Proyecte colaboratiu
Suau	Un equivalent al software propietari Vector , ferramenta per a analisar i editar archius de seqüència del ADN	Plantilla:Cela	GPL	Magnus Manske
GROMACS	Paquet de dinàmica molecular principalment dissenyat per a simulacres de proteïnes, lípits i àcits nucleicos.	Linux, macOS, Windows	Públic comú 1.0	GenoViz
Integrated Genome Browser	Navegador de genoma d'escritori basat en Java	Linux, macOS, Windows	Públic comú 1.0	GenoViz
InterMine	Sistema d'almagasén de senya extensa, per a l'anàlisis i integració de senyes biològiques	Multiplataforma	LGPL	Universitat de Cambridge
LabKey Servidor	Plataforma de software, deixa organisacions per a integrar, analisa, i compartir complex biomedical senya	Linux, macOS, Windows	Apache	Fundació de software LabKey
LAMMPS	Programa de dinàmica molecular	Linux, macOS, Windows	Apache	Laboratori Nacional de Sandia
mothur	Software per a anàlisis del rRNA 16S	Linux, macOS, Windows	Plantilla:Cela	Universitat de Míchigan
PathVisio	Software d'escritori per a dibuixar, analisar i visualisar rutes biològiques	Linux, macOS, Windows	Apache 2.0	Universitat de Maastricht
Taronja	software d'aprenentage automàtic, en interfaç gràfic interactiu para anàlisis exploratori de senyes i llibreries de Python	Linux, macOS, Windows	GPL	Universitat de Liubliana
Staden	Ensamblage de seqüència, edició i anàlisis, principalment constant de gap4, ga5, i espin.	Linux, macOS, Windows	BSD	Consell d'investigacions mèdiques del Fondo Wellcome, Institut Sanger Institut.
Banc de treball Taverna	Ferramenta per a dissenyar i eixecutar workflows	Linux, macOS, Windows	LGPL	myGrid
UGENE	Ferramentes bioinformaticas vàries	Linux, macOS, Windows	GPL 2	Unipro
Unipept	Anàlisis de biodiversitat de metaproteomas	Navegador d'web	MIT	Universitat Ghent
VOTCA	Paquet de modelació molecular de gra gros	GNU/Linux, macOS, Windows, qualsevol una atra varietat d'Unix	Llicència d'apache 2.0	Institut Max Planck per a investigació en Polímero

Vore també

• Llesta de software d'alliniació de la seqüència

Enllaços externs

• Software lliure de Biologia – Directori de Software Lliure – Fundació de Software Lliure